Nel 1578 per volere del Duca Emanuele Filiberto di Savoia nasce lArciconfraternita di San Giovanni Battista Decollato o della Misericordia, dedita allassistenza materiale e spirituale dei carcerati e dei condannati a morte. La Chiesa, appartenuta fino al 1718 al convento dellemonache di Santa Croce viene acquistata successivamente dalla Confraternita che vi si insedia a partire dal 1720, dedicandola a San Giovanni Battista Decollato. Ledificio attuale, costruito sulla base di un progetto dellarchitetto Filippo Nicolis di Robilant risalente al 1751, viene poi reimpostato in stile barocco, mentre la facciata, marcatamente neoclassica, è opera di Gaetano Lombardi che la realizza grazie ai doni dei Confratelli e della Regina Maria Teresa dAustria nel 1828. La Chiesa della Misericordia entra ufficialmente nellamministrazione delle carceri nel 1817, dopo circa due secoli di attività ininterrotta. Con la riforma delle Opere Pie, avvenuta dopo lunità dItalia del 1861, l'Arciconfraternita della Misericordia porta avanti la sua attività assistenziale a favore dei condannati a morte, dei carcerati e degli ex detenuti, opera che continua tuttora. Nella Cappella dei Condannati si celebra la Gran funzione della Confraternita il Venerdì Santo dove si adunano, i Disciplinanti con gli stendardi in tela nera. A sinistra dellaltare del crocifisso venivano sepolti i giustiziati in una botola profonda più di 12 metri e larga circa 2 metri. In alcune teche espositive sono conservati il registro con i nomi dei condannati, i cappucci neri, le corde dellimpiccagione e il "bicchierino del condannato" per bere l'ultimo sorso. A partire dal 1° gennaio del 1778, i giustiziati, vengono sepolti nel Cimitero suburbano di San Pietro in Vincoli, in un recinto apposito benedetto, ma non consacrato. Ogni domenica ed ogni festa di precetto si celebra la messa nella forma straordinaria del Rito romano (in latino e con canto gregoriano secondo il Messale del 1962), autorizzata fin dal 1989 dal card. Giovanni Saldarini, arcivescovo di Torino.
